1er décès, symptômes, 59 cas en France

[Mise à jour le 13 décembre 2021 à 15h12] De nombreux variants du SARS-CoV-2 circulent en France et de nouveaux variants porteurs de mutations sont régulièrement identifiés. Parmi eux, le variant Omicron déclaré en Afrique du Sud le 24 novembre 2021 et classé comme “préoccupant” par l’OMS deux jours plus tard. Selon le dernier level épidémiologique de Santé Publique France, au 9 décembre, le variant Omicron a été détecté chez 59 sufferers en France. “Ce variant est contagieux voire fortement plus contagieux que le variant Delta” indiquait Olivier Véran lors du level presse du 6 décembre. Sur Twitter, le Dr Nathan Peiffer-Smadja, Chef de Clinique Infectiologie à l’hôpital Bichat (Paris) estime que “Omicron sera prédominant en France dans les semaines qui viennent (…) cela risque de secouer”.

En Angleterre, le Premier ministre Boris Johnson a annoncé lundi le premier décès lié au variant Omicron. La veille il alertait sur “un raz-de-marée d’Omicron“ et ouvrait le rappel vaccinal pour tous les adultes de 18 ans et plus, un mois à l’avance. “Personne ne doit en douter (…), et je crains qu’il ne soit désormais clair que deux doses de vaccin ne suffisent pas pour assurer le niveau de safety dont nous avons tous besoin” a-t-il argué. 

Le eight décembre, le laboratoire Pfizer a déclaré dans un communiqué que trois doses de son vaccin “neutralisent la variante Omicron tandis que deux doses montrent des titres de neutralisation considérablement réduits”. Avec deux doses, les individus vaccinés semblent surtout protégés des formes graves. Avec une troisième dose, “les titres d’anticorps neutralisants augmentent de 25 fois par rapport à deux doses”. Pfizer-BioNTech continuent d’avancer sur le développement d’un vaccin spécifique à la variante Omicron et s’attendent à ce qu’il soit disponible d’ici mars. Le variant Omicron possède un nombre élevé de mutations (32 sur la protéine de pointe), plus que le Delta et les précédents, ce qui complique la tache des scientifiques automotive les vaccins disponibles ne ciblent pas toutes ces mutations. Côté symptômes, un médecin présent en Afrique du Sud et ayant assisté aux premiers cas de variant Omicron a rapporté à la BBC des signes “très très légers”. Le premier affected person “avait un peu mal à la tête, il n’avait pas vraiment mal à la gorge, pas de toux, pas de perte du goût ou de l’odorat”. Ses symptômes étaient “très très légers”. La France a durci ses circumstances d’accès depuis le four décembre en plaçant sur liste “rouge écarlate” certains pays. Désormais, les voyageurs de l’UE non vaccinés doivent avoir un take a look at de moins de 24 heures pour venir en France. Hors Union Européenne, il faut un take a look at de moins de 48 heures pour tous. Définition, symptômes spécifiques de covid, vaccin… Tout savoir sur le variant Omicron.

C’est quoi le nouveau variant Omicron ?

La variante Omicron a été signalée pour la première fois à l’OMS par l’Afrique du Sud le 24 novembre 2021. Cette variante appartient à la lignée Pango B.1.1.529 (d’où son autre nom “B.1.1.529”), est caractérisée 45-52 changements d’acides aminés, dont 26-32 sur la protéine de pointe par rapport à la souche de référence du Sars-Cov-2. “C’est un variant qui a un grand nombre de mutations et nous savons que dans ce cas, cela peut avoir un impression sur le comportement du virus, a expliqué le Dr Maria Van Kerkhove de l’OMS le 25 novembre 2021. Les chercheurs l’analysent pour comprendre ses mutations. Il va falloir plusieurs semaines pour comprendre quel impression a ce variant.” Il y a trois sorts de variants selon le classement de l’OMS : les VOC (variant préoccupant comme les variants Delta, Alpha, Beta, Gamma), les VOI (variant à suivre comme le variant Mu et le variant Lambda) et les VUM (variant sous surveillance). Le variant Omicron est classé comme VOC par l’OMS soit un variant associé à :

• une augmentation de la transmissibilité ou changement préjudiciable dans l’épidémiologie du COVID-19 ou
• une augmentation de la virulence ou modification de la présentation clinique de la maladie ou
• une diminution de l’efficacité des mesures de santé publique et sociales ou des diagnostics, vaccins, thérapeutiques disponibles.

Le 28 novembre, l’OMS a expliqué que le variant Omicron “est une variante très divergente avec un nombre élevé de mutations, dont 26-32 dans la protéine Spike, dont certaines sont préoccupantes et peuvent être associées à un potentiel d’évasion immunitaire et à une transmissibilité plus élevée. Cependant, des incertitudes considérables subsistent. Les principales incertitudes sont : dans quelle mesure le variant est transmissible et si les augmentations sont liées à l’évasion immunitaire, à une transmissibilité intrinsèque accrue, ou aux deux ; dans quelle mesure les vaccins protègent-ils contre l’an infection, la transmission, la maladie clinique de différents degrés de gravité et la mort ; et la variante présente-t-elle un profil de gravité différent.”

Combien de cas du variant Omicron en France ?

En France, le variant Omicron fait l’objet d’une surveillance renforcée. La stratégie de criblage a été adaptée, avec le développement de nouveaux indicateurs. Ce variant ne présentant aucune des trois mutations suivies jusqu’ici par le criblage des autres variants. Selon le dernier level épidémiologique de Santé Publique France, au 9 décembre, le variant Omicron a été détecté chez 59 sufferers en France. D’après les criblages, la proportion doable du variant Omicron reste secure entre la semaine 47 et la semaine 48 (29 nov-5 dec). Parmi les premiers cas identifiés, un cas en Vendée, un autre dans le Haut-Rhin confirmé par l’ARS de la région Grand Est, un cas en Ile-de-France, en Seine et Marne déclaré par l’Agence régionale de santé d’Ile-de-France. Cette personne a été dépistée à son retour d’un voyage au Nigéria. L’entourage a été testé et placé à l’isolement. Il a été testé positif au Covid à sa descente d’avion le 25 novembre. Il s’agit d’un homme entre 50 et 60 ans qui ne présentait pas de symptômes au second du take a look at. Sa femme, qui l’accompagnait dans ce voyage, a également été testée constructive au COVID : le séquençage est en cours pour vérifier s’il s’agit du variant Omicron. Tous deux sont restés à l’isolement à leur domicile depuis leur arrivée sur le territoire compte tenu du résultat positif au COVID. Une troisième personne vivant sous le même toit a été testée le 2 décembre pour déterminer si elle était contaminée et, le cas échéant, si elle est porteuse du variant. Aucune des trois personnes n’est vaccinée. 

Que veut dire Omicron ?

Comme Alpha, Beta, Delta, Gamma… Omicron est le nom d’une lettre de l’alphabet grec (la 15e), le système de nomenclature “plus accessible à un public non scientifique” et “non stigmatisant” mis en place pour baptiser les lignées génétiques du Sars-CoV-2, explique l’OMS. L’alphabet grec compte 24 lettres. Les 13e et 14e lettre n’ont pas été attribuées à un variant, l’OMS n’ayant pas encore indiqué pour quelle raison. 

Quels sont les symptômes du variant Omicron ?

Comme les autres variants identifiés avant lui, le nouveau variant sud-africain n’entraînerait pas de symptômes spécifiques selon les premières observations : “Actuellement, aucun symptôme inhabituel n’a été signalé à la suite d’une an infection par le variant B.1.1.529 et comme avec d’autres variantes, certains individus sont asymptomatiques“ détaillaient les chercheurs sud-africains dans leurs publications. Le 28 novembre, l’OMS confirme qu’ “il n’y a actuellement aucune data suggérant que les symptômes associés à Omicron sont différents de ceux d’autres variantes”. Les infections initialement signalées concernaient des étudiants universitaires – des individus plus jeunes qui ont tendance à avoir une maladie plus bénigne. Le premier affected person “avait un peu mal à la tête, il n’avait pas vraiment mal à la gorge, pas de toux, pas de perte du goût ou de l’odorat” a déclaré le Dr Angelique Coetzee, présidente de l’Affiliation médicale sud-africaine à la BBC. Ses symptômes étaient “très très légers”.

Les vaccins sont-ils efficaces ?

Des travaux sont en cours pour étudier le potentiel d’échappement immunitaire du variant Omicron face au vaccin. “Sur la base de notre compréhension des mutations dans cette lignée, une évasion partielle-immune est possible” ont indiqué d’emblée les chercheurs sud-africains. La variante Omicron est la variante la plus divergente en terme de mutations depuis le début de la pandémie “ce qui soulève de sérieuses inquiétudes quant à son affiliation avec une réduction significative de l’efficacité des vaccins” indique le Centre européen de prévention et de contrôle des maladies (ECDC). Les premières données arrivent petit à petit. Le eight décembre, le laboratoire Pfizer informe dans un communiqué que trois doses de son vaccin anti Covid “neutralisent la variante Omicron tandis que deux doses montrent des titres de neutralisation considérablement réduits”. Avec deux doses, les individus vaccinés semblent quand même protégés des formes graves. Avec une troisième dose, “les titres d’anticorps neutralisants augmentent de 25 fois par rapport à deux doses”. Pfizer-BioNTech continuent d’avancer sur le développement d’un vaccin spécifique à la variante Omicron et s’attendent à ce qu’il soit disponible d’ici mars. Les laboratoires Johnson&Johnson et Moderna ont aussi commencé à travailler sur une nouvelle model de leur vaccin. Mardi 30 novembre, le PDG du laboratoire Moderna, Stéphane Bancel, interviewé dans le Financial Times, était pessimiste en annonçant une “baisse importante” de l’efficacité des vaccins. “Je ne sais pas de combien automotive nous devons attendre les données. Mais tous les scientifiques à qui j’ai parlé m’ont dit : “Ça ne va pas être bon. (…) La plupart des consultants pensaient qu’une variante aussi hautement mutée n’émergerait pas avant un an ou deux.”

D’où vient le variant Omicron ?

La variante Omicron a été signalée pour la première fois à l’OMS par l’Afrique du Sud le 24 novembre 2021. “Ces dernières semaines, les infections ont fortement augmenté en Afrique du Sud, coïncidant avec la détection d’Omicron” explique l’OMS. La première an infection confirmée connue à Omicron en Afrique du Sud provenait d’un échantillon prélevé le 9 novembre 2021. Le variant Omicron a également été détecté au Botswana dans des échantillons collectés le 11 novembre 2021.

Les exams PCR actuels de dépistage du SARS-CoV-2 sont capables de détecter le variant Omicron. La stratégie de criblage a été adaptée en France pour pouvoir détecter des cas suspects d’Omicron. “Le variant Omicron (B.1.1.529) ne présente aucune des trois mutations suivies par le criblage (E484Okay, E484Q et L452). Ainsi, les résultats indiquant l’absence des trois mutations (codés A0B0C0 dans SI-DEP) peuvent indiquer la présence de ce variant” explique Santé Publique France. De plus, le variant Omicron porte les mutations “délétion 69/70, N501Y et Okay417N” sur la protéine Spike. Certains laboratoires sont en capacité de cribler pour une ou plusieurs de ces mutations. Un nouveau code (D) a été inclus dans SI-DEP afin de collecter les résultats de criblages complémentaires ciblant la délétion 69-70, la mutation N501Y ou la mutation Okay417N. Si ces deux stratégies de criblage permettent de suspecter des infections au variant Omicron, un résultat de séquençage est nécessaire pour le confirmer, les profils A0B0C0 et D1 pouvant être observés chez d’autres variants. La Direction générale de la Santé a donné ces consignes le 27 novembre aux professionnels : 

• Les laboratoires et professionnels de santé réalisant un dépistage du SARS-CoV-2 doivent questionner systématiquement toute personne venant se faire tester sur un potentiel séjour à l’étranger dans les 14 jours précédant la date des symptômes ou du prélèvement ou sur un potentiel contact à risque avec une personne y ayant séjourné. En cas de réponse constructive, cette point out fait l’objet d’un renseignement obligatoire de SIDEP. Une consideration particulière doit être portée aux pays à risque vis-à-vis du variant B1.1.529. A ce jour : Afrique du Sud, Botswana, Eswatini, Lesotho, Mozambique, Namibie, Zimbabwe. Cette liste est inclined d’évoluer dans les jours à venir.
• Dans ce cas, Ia personne doit être orientée vers un take a look at PCR (y compris si elle se présente pour la réalisation d’un take a look at antigénique, il convient de lui indiquer de réaliser un 2nd take a look at RTPCR si elle est constructive).
• Il est demandé de réaliser de façon prioritaire et accélérée le séquençage de tout prélèvement positif :

► d’une personne ayant séjourné dans un pays à risque dans les 14 jours précédant la date des symptômes ou du prélèvement ;

► ou d’une personne ayant eu un contact à risque avec une personne y ayant séjourné dans les 14 jours suivant son retour ;

► ou criblé A0B0C0 pour le SARS-CoV-2 ;

►ou dont le résultat de RT-PCR (package ThermoFisher avec three cibles : N, ORF1ab, S) est positif (Ct pour le gène N <28) mais atteste d’un défaut de détection pour le gène S.

Un contact-tracing renforcé sera réalisé par les CPAM pour tous les cas possibles et les ARS pour les cas confirmés.

Toute personne contact à risque d’un cas doable ou d’un cas confirmé du variant Omicron, vaccinée ou pas, doit être considérée comme ‘contact à risque élevé’ et placée en quarantaine“

Quels sont ses risks ?

Les scientifiques sud-africains à l’origine de l’identification du variant Omicron ont déclaré tout de suite que “cette lignée possède un nombre élevé de mutations précédemment vues dans d’autres variants du SARS-CoV-2, variants d’intérêt (VOI) ou variants préoccupants (VOC) mais aussi d’autres mutations qui sont nouvelles”. L’OMS a confirmé qu’il s’agissait d’une variante “divergente” possédant  32 mutations au niveau de la protéine Spike. “Étant donné les mutations qui peuvent conférer un potentiel d’évasion immunitaire et éventuellement une transmissibilité augmentés, la probabilité d’une nouvelle propagation potentielle d’Omicron au niveau mondial est élevée, a poursuivi l’autorité. Selon ces caractéristiques, il pourrait y avoir de futures poussées de COVID-19, qui pourraient avoir des conséquences graves. Le risque world lié au nouveau variant Omicron est très élevé”. Parmi ces risques, une étude préliminaire publiée sur Medrxiv par des chercheurs sud-africains a montré que la propagation de la variante Omicron a été associée à une augmentation du risque de réinfection. “Ce variant est contagieux voire fortement plus contagieux que le variant Delta” a confirmé le ministre de la Santé Olivier Véran lors du level presse du 6 décembre “mais aucun élément clinique confirme qu’il serait plus dangereux”.

Entraîne-t-il une forme plus grave de Covid ? 

“Aucun élément clinique confirme qu’il serait plus dangereux” a informé Olivier Véran lors du level presse du 6 décembre. “Il n’est pas encore clair si l’an infection par Omicron provoque une maladie plus grave par rapport aux infections par d’autres variantes, y compris Delta. Les données préliminaires suggèrent qu’il y a une augmentation des taux d’hospitalisation en Afrique du Sud, mais cela peut être dû à l’augmentation du nombre world de personnes infectées, plutôt qu’à une an infection spécifique par Omicron” confirme l’OMS.  Il faut attendre “plusieurs jours à plusieurs semaines pour comprendre le niveau de gravité de la variante”.

Quelles différences avec le variant Delta ?

Le variant Delta reste le variant majoritaire en France. Il représente 100% des exams séquencés. “Alors que la lignée B.1.1.529 partage quelques mutations communes avec les variantes Delta mais aussi Beta et C.1.2, il a également un sure nombre de mutations supplémentaires. À l’heure actuelle, la lignée B.1.1.529 est relativement distincte des variantes C.1.2, Beta et Delta et a une voie évolutive différente” ont expliqué les scientifiques sud-africains qui ont analysé en premier ce nouveau variant.

► Concernant la transmission du virus : “Ce variant est contagieux voire fortement plus contagieux que le variant Delta” a déclaré Olivier Véran le 6 décembre. On ne sait pas encore si Omicron est plus transmissible que le variant Delta.

► On ne sait pas encore si l’an infection est plus grave que celle causée par le Delta.

Les règles de prévention face au nouveau variant Omicron sont identiques à celles du Sars-Cov-2 originel :

► La vaccination : l’OMS recommande d’accélérer la couverture vaccinale contre le Covid le plus rapidement doable, en particulier parmi les populations désignés comme hautement prioritaires qui ne sont pas vaccinés ou qui ne sont pas encore complètement vaccinés.

►Les gestes barrières : masques, distanciation physique, air flow de l’espace intérieur, évitement des foules, hygiène des mains…

►Le dépistage et l’isolement des personnes revenant des pays classés sur la liste “rouge écarlate” du gouvernement. 

Sources : 

Level sur le variant du SARS-CoV-2 Omicron (B.1.1.529). Santé Publique France. 26 novembre 2021

Les autorités sanitaires françaises surveillent les cas possibles de personnes atteintes du variant Omicron sur le territoire français. Ministère de la Santé. 28 novembre 2021

Enhancing Readiness for Omicron (B.1.1.529): Technical Temporary and Precedence Actions for Member States World Well being Group HQ 28 Novembre 2021

Un nouveau variant détecté dans plusieurs pays d’Afrique australe. Gouvernement.fr. 26 novembre 2021.

Regularly requested questions in regards to the B.1.1.529 mutated SARS-CoV-2 lineage in South Africa. Nationwide Institute for communicable ailments. 25 novembre 2021.

Targeted COVID-19 Media Monitoring Nepal. OMS. 26 novembre 2021.